Exemple d'intégration IPSDK dans Avizo

Discussions about the use of IPSDK

Exemple d'intégration IPSDK dans Avizo

Message par ReactivIP » 26 Avril 2016, 08:02

Bonjour à tous

Pour palier à la lenteur des traitements du logiciel Avizo, voici un exemple d'intégration de la librairie IPSDK dans ce logiciel.
Le principe est d'utiliser:
1) la classe Wrapper Image de IPSDK afin de ne pas dupliquer les buffers images.
2) l'environnement de développement XPand de Avizo pour créer ses propres modules de traitement.

Les modules maintenant intégrés sont disponibles sur simple demande avec l'acquisition d'une licence de la librairie IPSDK
Cette approche permet de bénéficier de toutes les fonctionnalités avancées de visualisation 3D d'Avizo tout en bénéficiant de la vitesse de traitement d'IPSDK.

Voici un exemple pour le filtre médian. Le nouveau module (IPSDK Median) se présente sous une forme très similaire au module de filtre médian natif d'Avizo.

Image

A noter tout de même que Avizo ne propose que la version itérative du filtre médian (itération de noyau de taille 3) qui est donc une version approximée.
Ici, le module IPSDK Median propose aussi une version exacte en faisant réellement varier la taille du noyau.

En termes de performance, voici le résultat des benchmarks que nous avons pu réaliser:

Taille de l'image 3D: 8 Go
Image codée sous 16 bits en USHORT
OS: Windows Seven 64 bits
PC 4 cœurs 3.3 GHz disposant de l'AVX2

Temps de traitement du module natif Avizo: environ 8 minutes
Temps de traitement du module IPSDK Median: 31 secondes

Soit un gain de de l'ordre de X16

Voici la liste des fonctions actuellement intégrées dans Avizo:
- IPSDK erosion et dérivées (lerosion, sphereerosion, diskerosion)
- IPSDK dilation ...
- IPSDK opening ...
- IPSDK closing ...
- IPSDK box filter (mean)
- IPSDK bilateral filter
- IPSDK gaussian filter
- IPSDK median filter
- IPSDK anisotropic diffusion (uniquement 2D pour l'instant)
- IPSDK label boundaries
- IPSDK separate objects (binseparate)
- IPSDK H-extrema watershed (grey separate)
- IPSDK Marker-Based Watershed (fast watershed et catchbasin)
- IPSDK distance map
- IPSDK geodesic distance map
- IPSDK labeling
- IPSDK Reconstruction From Markers
- IPSDK gaussian gradient
- IPSDK H-Maxima (merge_maxima)
- IPSDK H-Minima (merge_minima)

Ce type d'intégration est aussi possible avec d'autres logiciels: Visilog, Imaris, VG Studio ou vos logiciels "maison".

N'hésitez pas à tester par vous même le potentiel de cette librairie et à demander une version d'évaluation.


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